中國教育新聞網訊(通訊員 王璐謠 寇博)近日,西交利物浦大學理學院生物科學與生物信息學系魏震博士團隊,聯合利物浦大學研究者,在國際權威期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)上發表最新成果,推出了整合多種m6A檢測技術并通過交叉驗證的數據庫——m6AConquer。目前,m6AConquer數據庫和所有分析工具已免費向全球科研人員開放。
在生命科學研究中,“RNA修飾”就像基因表達的“隱形開關”,控制著細胞何時、以何種方式制造蛋白質。其中最常見的一種叫 m6A(N6-甲基腺苷),它影響著RNA的穩定性和蛋白質合成效率,被認為與細胞功能乃至疾病發生密切相關。長期以來,這個領域一直存在一個“煩惱”:不同實驗室得到的結果經常對不上。同一個基因、同一個核苷酸位點,在一篇論文里被標成“有修飾”,在另一篇論文里卻顯示“沒有”。這種結果前后不一致的情況,讓科研人員很難判斷究竟哪些修飾是真實的、能重復驗證的。
魏震說:“過去研究者各說各話,現在終于有了一個能‘對齊’所有數據的共同坐標系。”
研究團隊借鑒了國際著名的 ENCODE人類基因組計劃的統計框架,采用 IDR模型來衡量不同檢測方法之間的結果一致性。最終,他們識別出了超過13.5萬個高置信度的m6A修飾位點(IDR < 0.05),這些位點在不同的正交實驗技術之間表現出統計顯著的可重復性。
魏震表示:“這項分析首次在該領域中建立了嚴謹的真實標準(ground truth)數據集,讓不同 m6A 檢測方法的性能評估成為可能。科研人員可以直接利用這些經過多平臺驗證的修飾位點作為統一參考,不再需要為技術差異反復調整。這樣不僅提高了研究的一致性和可重復性,也為后續算法開發與疾病機理研究提供了可靠的參照系。”
除了確保數據的可靠性,魏博士團隊還關注“可用性”——如何讓這些數據更容易被科學家使用。
m6AConquer建立了一個標準化的數據共享框架,把原本分散、復雜的多組學原始數據重新整理為“分析就緒”的矩陣化格式。這就像把散落在不同國家的字典整合成同一種語言版本,研究人員無需再花大量時間清洗、對齊數據,就能直接開展比較、建模和驗證,大幅提升科研效率與可復現性。
魏震表示:“這意味著我們不僅能看到RNA修飾的‘結果’,還開始理解它背后的‘原因’。有些基因突變可能正是通過影響RNA修飾水平,間接改變了疾病風險……我們希望這一開放資源能夠成為推動表觀轉錄組學從‘數據整合’走向‘機制理解’的重要一步。”
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